Głównym bohaterem serii jest dwunastoletni chłopiec o imieniu Naruto. Przed jego narodzinami były Hokage (Yondaime - Czwarty Hokage), czyli przywódca Ukrytej Wioski Liścia (Konohy), a zarazem najsilniejszy spośród ninja ją zamieszkujących, stoczył walkę z potężnym Lisim Demonem (Kyuubim). Aby uratować Konohę, zapieczętował potwora w nowo narodzonym dziecku, Naruto. Niestety, sam umarł, a po nim przejął władzę wcześniejszy Hokage (Sandaime - Trzeci Hokage). Naruto do dwunastego roku życia nie zdawał sobie sprawy z noszenia w sobie zabójcy setek ninja. Dorastał bez opieki rodziców, znienawidzony przez większość mieszkańców wioski, którzy uważali go za wcielenie demona. Jego marzeniem jest zostanie Hokage, aby wszyscy w wiosce zaakceptowali jego istnienie. W serii jest dużo humoru, co nie znaczy, że nie znajdzie się tu poważniejszych wątków, m.in. o przyjaźni, sensie życia itp.